*GROSSI SPOILER! LEGGI A TUO RISCHIO E PERICOLO!*

In questo articolo parleremo anche di eventi reali accaduti nella vita reale e di organizzazioni reali di paesi reali e verranno mostrati in blu.

Nel 1970, sei anni dopo la missione virtuosa e l'operazione Snake Eater (Metal Gear Solid 3: Snake Eater), il governo degli Stati Uniti inizia a costruire un Metal Gear dal progetto dello scienziato sovietico Aleksandr Leonovitch Granin. Lo stesso progetto che il maggiore Ocelot riportò alla CIA dalla sua precedente missione durante l'operazione Snake Eater. Durante il suo trasporto per alcuni test, il Metal Gear viene rubato da alcuni membri dell'Unità FOX che avrebbero dovuto proteggerlo. Si ritiene che il maggiore Zero e Big Boss siano responsabili e sono accusati di tradimento. Zero viene arrestato dal Pentagono. Tuttavia, sembra che i membri dell'Unità FOX che hanno rubato il Metal Gear non siano agli ordini di Zero, ma abbiano effettivamente rotto la loro fedeltà alla CIA e siano diventati rinnegati. Il Metal Gear viene trasferito a San Hieronymo in Colombia.

Big Boss in prigione

Big Boss, in pensione dall'Unità FOX, è stato rapito ed è ora detenuto in una cella di San Hieronymo dove viene interrogato dal tenente Cunningham, noto anche come Boa, un altro membro ribelle dell'Unità FOX che ora è allo sbando e sotto il controllo il controllo di Gene, noto anche come Viper, che vuole creare una nazione di soldati indipendente, lontana dal controllo dei politici. Per favorire questa causa, ricatta gli USA e l'URSS con la possibilità di un attacco nucleare. Pensa anche che Big Boss sappia dove si trova l'altra metà dell'eredità dei filosofi ed è per questo che Big Boss è ora in una delle sue prigioni.

Lì, Big Boss incontra Roy Campbell, l'ultimo sopravvissuto di un'unità di Berretti Verdi che era stata inviata lì dopo i recenti eventi che circondano il Metal Gear. Big Boss evade dalla prigione e viene immediatamente aiutato da Sigint e Para-Medic via radio, proprio come sei anni prima. Big Boss in seguito aiuta Roy Campbell a fuggire dalla sua stessa cella. Partono insieme e decidono di interferire con i piani di Gene liberando i soldati che sono sotto il suo controllo. Per fare ciò, reclutano sul posto soldati sovietici disillusi e iniziano a creare un esercito.

Roy Campbell in carcere

Più tardi, Big Boss incontra Elisa, una dottoressa dell'Unità FOX. Lo aiuta a nascondersi dagli altri soldati, dopo che ha raggiunto il suo laboratorio, poiché è contraria al piano di Gene di lanciare bombe nucleari. Parla di Ursula, sua sorella gemella, e spiega come Gene li ha salvati qualche anno prima, quando li ha liberati da un laboratorio dove erano vittime di esperimenti. Sono stati rinchiusi in laboratorio a causa dei poteri telecinetici acquisiti dopo essere stati esposti alle radiazioni durante un'esplosione nucleare.

Dice anche a Big Boss che si sta occupando del Soldato Perfetto, risultato del "Progetto Soldato Perfetto" condotto dalla CIA (e quindi anche dai Filosofi). Quest'uomo è stato condizionato per essere privo di qualsiasi emozione o ricordo. Rimangono solo le sue abilità di soldato e ha un solo scopo: portare a termine la missione. Qualsiasi missione. Anche il suo nome è Null.

Big Boss viene poi aiutato via radio da un uomo misterioso, di nome Prividyenie, che in russo significa Ghost, che gli darà preziose informazioni sul Metal Gear.

Big Boss incontra quindi un vecchio amico, Python, con cui ha combattuto durante la guerra del Vietnam. Big Boss pensava che fosse morto e così lo lasciò durante una missione. Giustificando la sua sete di vendetta, Python spiega che, dopo essere stato lasciato, è stato salvato e addestrato dalla CIA per prevenire un potenziale tradimento di Big Boss. Dopo una lotta tra loro e la sconfitta, Python decide finalmente di unirsi alla causa di Big Boss.

Lotta di Python

Più tardi, Big Boss incontra Null. Dopo aver combattuto l'uno contro l'altro, Big Boss riconosce e ricorda questo soldato. Big Boss cerca di dirgli questo che inizia a risvegliare alcuni ricordi all'interno di Null, ma Cunningham interviene prima che possa ricordare tutto e cattura di nuovo Big Boss.

Durante la detenzione, Gene spiega di provenire dal "Progetto Successore", un esperimento top secret condotto dal governo degli Stati Uniti, il cui scopo era quello di creare l'ultimo comandante del campo di battaglia. Questo comandante avrebbe le capacità per fare la guerra, l'attitudine alla strategia, la resistenza per tornare vivo dalla battaglia e il carisma per sopraffare e dominare i cuori dei soldati. Tutto questo doveva essere modellato su The Boss. Gene spiega anche quale dovrebbe essere la sua missione: rubare il Metal Gear per la CIA in modo che lo consegnino all'Unione Sovietica. Ciò farebbe durare più a lungo la Guerra Fredda e manterrebbe l'equilibrio di potere. Ma c'è qualcun altro dietro questo e una telefonata di Ocelot in seguito lo dimostra.

Più tardi, Elisa fa visita a Big Boss per portargli del cibo e informazioni sull'andamento del piano di Gene. Comunicando usando la telepatia, gli dice che fa tutto questo perché lo ha visto distruggere il Metal Gear in una visione.

Elisa e Big Boss

Alcuni dei soldati precedentemente salvati da Big Boss vengono ad aiutarlo a fuggire dalla prigione e tutti si dirigono verso la posizione di Metal Gear. La missione ora è distruggere le testate nucleari del Metal Gear. Tuttavia, lungo la strada, vengono fermati da Cunningham che chiede di nuovo a Big Boss dell'eredità dei filosofi. Elisa interviene per salvare Big Boss ei suoi uomini, e partono per unirsi a Roy Campbell.

Elisa e Big Boss si dirigono verso la posizione del Metal Gear ma quando arrivano sul posto vengono fermati da Gene che evoca Ursula. In realtà non è altro che Elisa, la cui personalità è stata divisa in due a seguito di alcuni esperimenti. Queste personalità hanno sviluppato poteri e convinzioni differenti: Elisa è dalla parte di Big Boss mentre Ursula sta dalla parte di Gene.

Ursula prende il controllo del Metal Gear ma viene sconfitta da Big Boss e il Metal Gear esplode con lei ancora dentro. Il Metal Gear viene distrutto ma un uomo appare di punto in bianco e dice a Big Boss che questo Metal Gear era solo Metal Gear RAXA. Quest'uomo si scopre essere nientemeno che Sokolov, lo scienziato russo che aveva progettato lo Shagohod sei anni prima, lo stesso scienziato che Big Boss, che allora era ancora conosciuto come Naked Snake, aveva salvato durante l'operazione Snake Eater. Metal Gear RAXA è solo un prototipo, progettato per eseguire alcuni test prestazionali e non il vero Metal Gear, noto come Metal Gear BIC. Sokolov spiega anche che, poiché Gene lo ha salvato dalle prigioni russe dopo essere stato accusato di aver tradito il suo paese, ha aiutato Gene a finalizzare i due modelli Metal Gear. Ma, sapendo che Gene voleva usarli per lanciare un missile sulla Russia, la sua madrepatria, Sokolov, fingendosi Prividyenie, decise di aiutare Big Boss fornendogli ampie informazioni sul Metal Gear.

Big Boss in mezzo a soldati che si sono uccisi a vicenda

Con Metal Gear RAXA distrutto, Gene, grazie alle sue "abilità", confonde i suoi stessi soldati e li fa uccidere a vicenda. Lo fa per sbarazzarsi di loro e per cogliere l'attimo per scappare e raggiungere Metal Gear BIC. Big Boss insegue Gene ma si ferma quando vede Null che sta uccidendo i soldati. È stato portato alla follia dalla sua ossessione di uccidere l'unico che continua a ostacolare la sua missione: Big Boss. Affrontandolo di nuovo, Big Boss ricorda di averlo incontrato sul campo di battaglia quattro anni prima, quando Null era ancora un giovane soldato. Big Boss si rende conto che Null non è altro che Frank Jaeger, conosciuto in futuro anche come Grey Fox. Non riusciva a ricordare Big Boss a causa degli esperimenti fatti su di lui. Big Boss cerca di dirglielo nella speranza che se ne ricordi. Dopo un combattimento, Null recupera alcuni ricordi e si unisce all'esercito di Big Boss.

Big Boss arriva quindi al silo in cima a dove è appollaiato il Metal Gear BIC e si dirige verso l'ascensore. Mira a fermare Gene che è sul punto di scatenare un attacco nucleare. Questo è quando Cunningham arriva su una macchina volante.

Prima del combattimento, Cunningham rivela chi è veramente: lavora per il Pentagono che si sentiva minacciato dalla crescente influenza che la CIA stava avendo grazie ai recenti eventi (missioni segrete durante la guerra del Vietnam, Baia dei Porci...). Il Pentagono ha chiesto a Gene di rubare il Metal Gear prima che la CIA potesse darlo all'Unione Sovietica. E invece, il Pentagono vuole che Gene lanci una bomba atomica sull'URSS che sarebbe terribile per la CIA e consentirebbe al Pentagono di tornare al processo decisionale strategico per gli Stati Uniti.

Cunningham cerca di convincere Big Boss a unirsi alla sua parte e tradire la CIA, che aveva lasciato morire il suo mentore The Boss sei anni prima, ma Big Boss rifiuta e così inizia la lotta tra di loro. Big Boss sconfigge Cunningham e si dirige alla sala di controllo di Metal Gear.

La lotta di Cunningham

Gene ora sta aspettando Big Boss. Allo stesso modo in cui Cunningham ha fatto prima di lui, Gene rivela i suoi veri obiettivi: non gli importa della lite tra la CIA e il Pentagono e invece di lanciare una bomba atomica sull'URSS, in realtà vuole indirizzarla a entrambe le organizzazioni in per liberare il mondo dall'influenza dei Filosofi. Il suo obiettivo è creare una nuova nazione di soldati, l'Esercito's Heaven, e unificare il mondo per realizzare il desiderio di The Boss, che era quello di abolire i confini del mondo. Dice anche a Big Boss che tutti gli eventi della missione virtuosa e dell'operazione Snake Eater sono stati organizzati da un solo uomo dietro le quinte negli Stati Uniti. Racconta di come The Boss sia stato effettivamente ucciso come previsto dopo il lancio di una bomba atomica da parte di Volgin, che era stato tutto preparato dall'inizio. Nonostante abbia rivelato tutto questo, Gene non dirà a Big Boss chi è l'uomo dietro a tutto questo. Gene chiede quindi a Big Boss di unirsi a lui, ma lui rifiuta.

Subito dopo che Gene ha premuto il pulsante per lanciare le armi nucleari, Ursula (o è...?) rompe la finestra del pannello di comando per cercare di impedire il piano di Gene ma viene immediatamente uccisa da lui, perché il suo potere non può competere con lui. Con il suo ultimo respiro, chiede a Big Boss di fermare Gene e rivela alcune delle sue altre visioni: lo ha visto distruggere un Metal Gear ma anche costruirne un altro. Prima di morire tra le sue braccia, gli dice anche che i suoi figli, che lei chiama "Les Enfants Terribles", insieme distruggeranno e salveranno il mondo.

Gene è sconfitto

Big Boss sconfigge finalmente Gene dopo una feroce battaglia. Gene ammette che, nonostante le sue abilità modellate su The Boss, Big Boss è davvero il vero successore di The Boss. Gene gli dà un microfilm con tutte le informazioni riguardanti il ​​paradiso dell'esercito, inclusi equipaggiamento, personale e fondi. È sicuro che Big Boss ne avrà bisogno presto e gli sarà grato perché, per lui, non sono così diversi.

Con Gene fuori dai giochi, Big Boss ha ancora bisogno di distruggere Metal Gear BIC. Lancia un razzo sul Metal Gear ma non basta. Il suo esercito ora si unisce a lui per aiutarlo sparando contro il Metal Gear. Big Boss rischia la vita lanciando un altro razzo e viene spazzato via dal motore a reazione del Metal Gear. I suoi soldati riescono quindi a danneggiarlo abbastanza da fargli perdere la sua traiettoria una volta fuori dall'atmosfera.

Allo stesso tempo, Ocelot è nel quartier generale della CIA. Incrocia il percorso del Direttore che si nasconderà dal missile del Metal Gear. Ha anche in programma di nascondere una valigetta contenente le identità di tutti i Filosofi e metà dell'Eredità dei Filosofi, l'altra metà già appartenente a Ocelot. Quindi uccide il Direttore e prende la valigetta. Ora possiede l'intera Eredità ed è in grado di sbarazzarsi di tutti i Filosofi per creare una nuova organizzazione che "porterà lo spirito dei veri patrioti".

Ocelot nel quartier generale della CIA

Big Boss viene accolto come un eroe e si rende conto che deve trasmettere ciò che ha imparato dalla sua esperienza. Ocelot riceve quindi una chiamata dall'uomo che è dietro l'operazione e che ha condotto tutto, dall'Operazione Snake Eater alla manipolazione di Gene, al fine di recuperare l'Eredità e costruire un nuovo tipo di organizzazione come i Filosofi. Viene menzionato il progetto “Les Enfants Terribles” e Ocelot accetta l'invito a entrare a far parte della nuova organizzazione a una condizione: vuole che anche Big Boss si unisca.

Nasce un gruppo d'élite di persone con la capacità di governare il mondo in segreto e realizzare l'ideologia di The Boss. Sono i Patriots.

Un altro finale amaro per Big Boss