*GRANDI SPOILER! LEGGI A TUO RISCHIO E PERICOLO!*
In questo articolo parleremo anche di eventi reali accaduti nella vita reale e di organizzazioni reali di paesi reali che verranno mostrati in blu.
Dopo la fine della seconda guerra mondiale, il mondo è stato diviso in due: est e ovest. Questo segnò l'inizio dell'era chiamata Guerra Fredda. Durante la Guerra Fredda, Stati Uniti e Unione Sovietica intrapresero una frenetica corsa alla conquista dello spazio e delle nuove tecnologie militari.
Nikolaï Stephanovitch Sokolov, uno scienziato russo, sta lavorando a un progetto di armi top secret per l'Unione Sovietica: lo Shagohod. Gli Stati Uniti, temendo che l'Unione Sovietica prendesse il comando, organizzano una missione di infiltrazione per recuperare lo scienziato.
Virtuous Mission
24 agosto 1964: Virtuous Mission
Questa è la prima missione di combattimento dell'Unità FOX, composta dal leader Major Zero, Para-Medic, John e The Boss. John, nome in codice Naked Snake per questa missione, è aiutato da tutti loro tramite radio e riceve ordini dal Maggiore Zero di infiltrarsi a Tselinoyarsk e salvare Sokolov.
Durante questa missione, incontrerà il maggiore Ocelot e la sua unità, un gruppo d'élite Spetsnaz sotto il diretto controllo del GRU, a sua volta controllato dal colonnello Volgin. Ocelot prova ma non riesce a riprendersi Sokolov da Snake subito dopo averlo trovato.
Poco prima di portare a termine la sua missione, Snake incontra di nuovo il suo mentore, The Boss, che non vede da diversi anni. Lo ferisce violentemente e lo lascia per morto, dicendogli che è andata dall'altra parte e ha riformato l'Unità Cobra per l'occasione. Quindi riconquista Sokolov e i suoi difetti in Unione Sovietica con Volgin, Ocelot, Tatyana (un potenziale agente del KGB che finge di essere l'amante di Sokolov che è stato catturato) e lo Shagohod.
Uno dei due Davy Crockett, un missile nucleare americano, portato da The Boss su Volgin, viene lanciato sull'ufficio di progettazione di Sokolov, OKB-754. La missione virtuosa è un fallimento.
L'esplosione di Davy Crockett
Nikita Sergeyevich Khrushchev, leader dell'Unione Sovietica, usa il "Telefono Rosso" per chiamare il presidente degli Stati Uniti Lyndon Baines Johnson che deve spiegare perché un missile americano è esploso sul suolo russo. Per evitare ritorsioni, una terza guerra mondiale, e per essere spazzato via da ogni sospetto, il governo degli Stati Uniti non ha altra scelta che ascoltare l'ultimatum dell'Unione Sovietica che è di uccidere Volgin, che è stato reso responsabile del disastro, e uccidere The Boss, che ha tradito il suo paese. Il governo degli Stati Uniti deve anche recuperare il secondo Davy Crockett e salvare Sokolov. Naked Snake sarà l'uomo per questa missione!
Sigint si unisce all'Unità FOX per la missione, che è la loro ultima possibilità di essere cancellati dal precedente fallimento. Se non ci riescono saranno sciolti. ADAM ed EVA, due ex agenti dell'NSA, vengono inviati a Tselinoyarsk da Nikita Sergeyevich Khrushchev come agenti del KGB e, lì, Snake dovrà porre ad ADAM la domanda "Chi sono i Patriots?" per cui la sua risposta corretta dovrà essere “La Li Lu Le Lo”.
Operation Snake Eater
30th Agosto 1964: Operation Snake Eater
Durante questa missione, Naked Snake viene aiutato via radio dal Maggiore Zero, Para-Medic e ora Sigint. Pochi minuti dopo essere arrivato sul posto, incontra The Boss che gli dice di tornare a casa dopo averlo sconfitto con alcuni CQC (Close Quarters Combat). Poi se ne va. Più tardi, incontra l'agente del KGB EVA che lo aiuta a difendersi da Ocelot e dalla sua unità e gli dice dov'è Sokolov. Sulla sua strada, Snake ha un duello contro Ocelot, ne esce vittorioso e poi incontra e uccide il primo membro dell'Unità Cobra, The Pain.
Invece di trovare Sokolov, Snake incontra Aleksandr Leonovitch Granin, un altro scienziato, responsabile dello sviluppo del primo concetto di carro armato bipede: Metal Gear. Dice a Snake che lui e il suo concetto sono stati ignorati da Volgin a favore dello Shagohod, il concetto di Sokolov per un carro armato. Granin dice anche a Snake che Sokolov è ora detenuto nella base militare di Groznyj Grad. Sulla sua strada, Snake incontra altri due membri dell'Unità Cobra, The Fear e The End, che uccide dopo un feroce combattimento.
Snake arriva vicino alla base militare dove incontra EVA che gli dice di essere un doppiogiochista che finge di essere Tatyana, l'amante di Sokolov. Poco prima di raggiungere l'interno della base, Snake assiste alla morte di Granin durante l '"interrogatorio" di Volgin e combatte contro The Fury, uccidendolo.
Dopo essersi infiltrato nella base, Snake sorprende Sokolov fornendo i dati sperimentali di Shagohod a EVA. Dopo una conversazione con Sokolov sullo Shagohod e Tatyana, che in realtà finge di essere l'amante di Volgin, Snake viene individuato e catturato da Volgin.
Snake torturato da Volgin alla presenza di The Boss, EVA e Ocelot
Naked Snake ora deve affrontare una sessione di tortura per mano di Volgin che vuole sapere se è qui per l'Eredità dei Filosofi, una grande quantità di denaro raccolta dagli uomini più ricchi degli Stati Uniti, dell'Unione Sovietica e della Cina in 1918. Rivela allo stesso tempo dove si trova il microfilm, su cui si trovano tutte le transazioni dell'Eredità sparse per le banche di tutto il mondo. EVA (sotto copertura), Ocelot e The Boss sono tutti lì. Snake perde l'occhio destro durante l'interrogatorio mentre salva la vita di EVA. Snake viene quindi gettato in prigione.
Snake riesce a scappare, salta da una cascata e, poiché è prossimo alla morte, incontra il "fantasma" di The Sorrow, un tempo membro dell'Unità Cobra, in una sorta di sogno ad occhi aperti in cui incontra le anime di quelli che aveva precedentemente ucciso. Si districa dall'incubo e si dirige in una grotta dove incontra EVA che gli dà del C-3 che si rivelerà utile in seguito.
Snake torna quindi da Groznyj Grad, piazza il C-3 nel magazzino dove si trova lo Shagohod ma, subito dopo aver impostato il timer, viene notato da Volgin che è con Ocelot, The Boss ed EVA che è stato sorpreso a cercare il microfilm. Ora sapendo che EVA è una spia, Volgin chiede al Boss di nascondere il microfilm da qualche altra parte, cosa che lei accetta immediatamente, portando EVA con sé per sbarazzarsi di lei. Snake sconfigge Volgin, esce dal magazzino e trova EVA che lo sta aspettando nella sua motocicletta sidecar. Gli dice che il Boss l'ha lasciata scappare e che lo sta aspettando vicino al lago.
Lo Shagohod
Fuggono insieme sulla motocicletta ma vengono presto seguiti da Volgin che, ancora vivo, ha preso lo Shagohod prima dell'esplosione del C-3. Snake distrugge lo Shagohod e sconfigge Volgin che viene poi colpito da un fulmine.
Snake ed EVA finalmente arrivano al lago dove sta aspettando The Boss. Prima della battaglia finale, The Boss distrugge Groznyj Grad e la struttura di ricerca di Granin con l'ultimo Davy Crockett e spiega a Snake la sua visione del mondo come vorrebbe che fosse. Parla dei Filosofi e del loro primo e vero obiettivo: mantenere la pace sulla terra. Parla anche della sua sofferenza e dei suoi sacrifici come soldato e del suo dolore di madre il cui bambino le è stato portato via alla nascita: diversi elementi dimostrano che questo bambino non è altro che Ocelot. Alla fine parla di quando ha avuto la visione di un mondo unificato mentre viaggiava nello spazio per il Programma Mercurio. Il suo desiderio più caro è un mondo senza confini, che era lo scopo originario dei fondatori dei Filosofi.
Snake sconfigge The Boss dopo una lunga e aspra battaglia. Prima di morire, The Boss consegna un microfilm a Snake e gli chiede di realizzare il suo scopo e di porre fine alla sua miseria.
Naked Snake uccide The Boss
Snake usa la pistola del Boss, un Patriot, e la uccide. Si unisce quindi a EVA che sta aspettando con un idrovolante vicino al lago e, dopo un ultimo duello contro Ocelot, se ne vanno.
Passano la notte insieme, ma quando Snake si sveglia, EVA non c'è più. Ha lasciato un'audiocassetta spiegando tutto: non è l'EVA che ha lasciato la NSA per l'URSS nel settembre 1960, ma una spia incaricata di recuperare l'eredità dei filosofi per il ramo cinese dei filosofi. (Il Boss sapeva tutto questo, quindi ha lasciato scappare EVA con un finto microfilm). Spiega anche tutto sulla vera missione di The Boss a Snake:
Il Boss è stato effettivamente inviato dalla CIA per recuperare e proteggere l'eredità dei filosofi. La sua defezione dalla parte sovietica era in realtà un ordine degli Stati Uniti per consentirle di contattare Volgin. L'unico evento inaspettato è stato il lancio del Davy Crockett sull'infrastruttura del laboratorio da parte di Volgin. Il Boss ha dovuto dare la vita ed essere visto, agli occhi di tutti, come un traditore del suo Paese. Questo dà la possibilità al governo degli Stati Uniti di salvare la faccia. La verità è che è stata una vera patriota, una vera eroina che ha sacrificato la sua vita e il suo onore ma passerà alla storia come criminale di guerra ufficiale.
Naked Snake diventa Big Boss per aver riportato indietro l'Eredità e aver sconfitto il suo mentore, The Boss, ma lascia l'Unità FOX dopo aver appreso di tutta questa mascherata.
Un saluto da un eroe all'altro
Come ultima svolta nella storia, si scopre che Ocelot è un triplice agente. Come ha detto a Snake, era un membro del GRU, ma stava anche spiando Volgin per conto del KGB come ADAM, l'agente della NSA che avrebbe disertato gli Stati Uniti, e aveva dato la missione di rovesciare il primo segretario sovietico Nikita Sergeyevich Khrushchev. Tuttavia, il suo "vero" datore di lavoro è il direttore della CIA, un'organizzazione di filosofi, che gli ha chiesto di recuperare l'eredità dei filosofi per gli Stati Uniti. Per questo, è stato aiutato da The Boss e, ovviamente, Naked Snake. Ocelot dice alla CIA che solo metà dell'eredità era nel microfilm e che l'altra metà potrebbe essere ancora nelle mani del KGB. In qualche modo, dopo questi eventi, riuscirà a recuperare l'altra metà e a tenersela per sé. Dà loro anche il progetto del concetto di Metal Gear di Granin.
Una lacrima di Big Boss per The Boss