*GROS SPOILERS ! À LIRE À VOS RISQUES ET PÉRILS !

Dans cet article, nous parlerons également d'événements réels qui se sont produits dans la vraie vie et d'organisations réelles de pays réels et qui seront indiqués en bleu.

En 1970, six ans après la Mission Virtuelle et l'Opération Snake Eater (Metal Gear Solid 3 : Snake Eater), le gouvernement américain commence à construire un Metal Gear à partir du plan du scientifique soviétique Aleksandr Leonovitch Granin. Il s'agit du même plan que le Major Ocelot a rapporté à la CIA lors de sa mission précédente, pendant l'opération Snake Eater. Lors de son transport pour des tests, la Metal Gear est volée par certains membres de l'unité FOX qui étaient censés la protéger. Major Zero et Big Boss sont considérés comme responsables et sont accusés de trahison. Zero est arrêté par le Pentagone. Cependant, il semble que les membres de l'Unité FOX qui ont volé le Metal Gear n'étaient pas sous les ordres de Zero, mais ont en fait rompu leur allégeance à la CIA et sont devenus des renégats. Le Metal Gear est transféré à San Hieronymo en Colombie.

Big Boss en prison

Big Boss, retraité de l'unité FOX, a été enlevé et est maintenant détenu dans une cellule à San Hieronymo où il est interrogé par le lieutenant Cunningham, également connu sous le nom de Boa, un autre membre rebelle de l'unité FOX qui est maintenant en ruine et sous le contrôle de Gene, également connu sous le nom de Viper, qui veut créer une nation indépendante de soldats, loin du contrôle des politiciens. Pour servir cette cause, il fait chanter les États-Unis et l'URSS en leur faisant miroiter la possibilité d'une attaque nucléaire. Il pense également que Big Boss sait où se trouve l'autre moitié de l'héritage des philosophes et c'est pourquoi Big Boss se trouve maintenant dans une de ses prisons.

Là, Big Boss rencontre Roy Campbell, dernier survivant d'une unité de bérets verts qui avait été envoyée là-bas après les récents événements entourant le Metal Gear. Big Boss s'échappe de la prison et est immédiatement aidé par Sigint et Para-Medic par radio, comme ce fut le cas six ans plus tôt. Big Boss aide ensuite Roy Campbell à s'échapper de sa propre cellule. Ils partent ensemble et décident d'interférer avec les plans de Gene en libérant les soldats qui sont sous son contrôle. Pour ce faire, ils recrutent sur place des soldats soviétiques désabusés et commencent à créer une armée.

Roy Campbell en prison

Plus tard, Big Boss rencontre Elisa, un médecin de l'unité FOX. Elle l'aide à se cacher des autres soldats, après qu'il a atteint son laboratoire, car elle est contre le plan de Gene de lancer des bombes nucléaires. Elle parle d'Ursula, sa sœur jumelle, et explique comment Gene les a sauvées quelques années auparavant, en les libérant d'un laboratoire où elles étaient victimes d'expériences. Elles étaient enfermées dans le laboratoire à cause de pouvoirs télékinésiques acquis après avoir été exposés à des radiations lors d'une explosion nucléaire.

Elle dit également au Big Boss qu'elle s'occupe du Soldat Parfait, résultat du "Projet Soldat Parfait" mené par la CIA (et donc aussi les Philosophes). Cet homme a été conditionné pour être dépourvu de toute émotion ou mémoire. Seules ses compétences de soldat demeurent et il n'a qu'un seul but : accomplir la mission. N'importe quelle mission. Il s'appelle également Null.

Big Boss est ensuite aidé par radio par un homme mystérieux, nommé Prividyenie, en russe pour Ghost, qui lui donnera de précieuses informations sur le Metal Gear.

Big Boss rencontre ensuite un vieil ami, Python, qu'il a côtoyé pendant la guerre du Vietnam. Big Boss le croyait mort et l'a donc abandonné lors d'une mission. Justifiant sa soif de vengeance, Python explique qu'après avoir été abandonné, il a été sauvé et entraîné par la CIA pour prévenir une éventuelle trahison de Big Boss. Après un combat entre eux et avoir été vaincu, Python décide finalement de rejoindre la cause de Big Boss.

Le combat de Python

Plus tard, Big Boss rencontre Null. Après s'être battus l'un contre l'autre, Big Boss reconnaît et se souvient de ce soldat. Big Boss tente de le lui dire, ce qui commence à réveiller certains souvenirs chez Null, mais Cunningham intervient avant qu'il ne puisse tout se remémorer et capture à nouveau Big Boss.

Pendant la détention, Gene explique qu'il vient du "Projet Successeur", une expérience top secrète menée par le gouvernement américain, dont le but était de créer le commandant ultime du champ de bataille. Ce commandant aurait les compétences pour faire la guerre, l'aptitude à la stratégie, l'endurance pour revenir vivant de la bataille et le charisme pour subjuguer et maîtriser le cœur des soldats. Tout cela devait être modelé sur The Boss. Gene explique également quelle est sa mission : voler le Metal Gear pour la CIA afin qu'elle le livre à l'Union soviétique. Cela permettrait de faire durer la guerre froide et de maintenir l'équilibre des forces. Mais quelqu'un d'autre est derrière tout cela et un appel téléphonique d'Ocelot le prouvera plus tard.

Plus tard, Elisa rend visite au Big Boss pour lui apporter de la nourriture et des informations sur l'avancement du plan de Gene. Communiquant par télépathie, elle lui dit qu'elle fait tout cela parce qu'elle l'a vu détruire le Metal Gear dans une vision.

Elisa et Big Boss

Certains des soldats précédemment sauvés par Big Boss viennent l'aider à s'échapper de prison et ils se dirigent tous vers l'emplacement de la Metal Gear. La mission consiste maintenant à détruire les ogives nucléaires de la Metal Gear. Cependant, sur leur chemin, ils sont arrêtés par Cunningham qui interroge à nouveau Big Boss sur l'héritage des philosophes. Elisa intervient afin de sauver Big Boss et ses hommes, et ils partent rejoindre Roy Campbell.

Elisa et Big Boss se dirigent vers l'emplacement du Metal Gear, mais lorsqu'ils arrivent sur place, ils sont arrêtés par Gene qui convoque Ursula. Celle-ci n'est en fait autre qu'Elisa, dont la personnalité a été scindée en deux suite à des expériences. Ces personnalités ont développé des pouvoirs et des convictions différentes : Elisa est du côté du Big Boss tandis qu'Ursula reste du côté de Gene.

Ursula prend le contrôle du Metal Gear, mais elle est vaincue par Big Boss et la Metal Gear explose avec elle à l'intérieur. La Metal Gear est détruite, mais un homme surgit de nulle part et dit à Big Boss que cette Metal Gear n'était que la Metal Gear RAXA. Cet homme ne s'avère être nul autre que Sokolov, le scientifique russe qui avait conçu le Shagohod six ans plus tôt, le même scientifique que Big Boss, qui était alors encore connu sous le nom de Naked Snake, avait sauvé pendant l'opération Snake Eater. Metal Gear RAXA n'est qu'un prototype, conçu pour effectuer quelques tests de performance et non le véritable Metal Gear, connu sous le nom de Metal Gear BIC. Sokolov explique également que, parce que Gene l'a sauvé des geôles russes après avoir été accusé de trahir son pays, il a aidé Gene à finaliser les deux modèles de Metal Gear. Mais, sachant que Gene voulait les utiliser pour lancer un missile sur la Russie, sa patrie, Sokolov, se faisant passer pour Prividyenie, a décidé d'aider Big Boss en lui fournissant de nombreuses informations sur la Metal Gear.

Big Boss au milieu de soldats qui se sont entretués

La Metal Gear RAXA étant détruite, Gene, grâce à ses "capacités", confond ses propres soldats et les fait s'entretuer. Il fait cela pour se débarrasser d'eux et saisir le moment pour s'échapper et atteindre Metal Gear BIC. Big Boss poursuit Gene, mais s'arrête lorsqu'il voit Null qui tue des soldats. Il a été rendu fou par son obsession de tuer le seul qui continue à se mettre en travers de sa mission : Big Boss. En l'affrontant à nouveau, Big Boss se souvient qu'il l'avait rencontré sur le champ de bataille quatre ans plus tôt, alors que Null était encore un jeune soldat. Big Boss réalise que Null n'est autre que Frank Jaeger, également connu dans le futur sous le nom de Grey Fox. Ce dernier ne se souvient pas de Big Boss à cause des expériences menées sur lui. Big Boss essaie de lui dire cela dans l'espoir qu'il se souvienne. Après un combat, Null récupère alors quelques souvenirs et rejoint l'armée de Big Boss.

Big Boss arrive ensuite au silo au sommet duquel est perché le Metal Gear BIC et se dirige vers l'ascenseur. Il veut arrêter Gene qui est sur le point de déclencher une attaque nucléaire. C'est alors que Cunningham arrive sur une machine volante.

Avant le combat, Cunningham révèle qui il est vraiment : il travaille pour le Pentagone qui se sentait menacé par l'influence croissante de la CIA grâce aux événements récents (missions secrètes pendant la guerre du Vietnam, la Baie des Cochons...). Le Pentagone a demandé à Gene de voler le Metal Gear avant que la CIA ne puisse le donner à l'Union soviétique. Au lieu de cela, le Pentagone veut que Gene lance une bombe nucléaire sur l'URSS, ce qui serait terrible pour la CIA et permettrait au Pentagone de revenir dans le processus de décision stratégique pour les États-Unis.

Cunningham tente de convaincre Big Boss de se joindre à lui et de trahir la CIA, qui avait laissé mourir son mentor The Boss six ans auparavant, mais Big Boss refuse et c'est ainsi que le combat entre eux commence. Big Boss vainc Cunningham et se dirige vers la salle de contrôle de Metal Gear.

Le combat de Cunningham

Gene attend maintenant Big Boss. De la même façon que Cunningham l'a fait avant lui, Gene révèle ses véritables objectifs : il se moque de la querelle entre la CIA et le Pentagone et au lieu de lancer une bombe nucléaire sur l'URSS, il veut en fait la diriger vers les deux organisations afin de libérer le monde de l'influence des Philosophes. Son objectif est de créer une nouvelle nation de soldats, le Paradis de l'Armée, et d'unifier le monde pour accomplir le souhait du Boss, qui était d'abolir les frontières mondiales. Il dit également au Big Boss que tous les événements de la Mission Vertueuse et de l'Opération Snake Eater ont été mis en scène par un seul homme dans les coulisses aux États-Unis. Il explique que The Boss a en fait été tué comme prévu après le lancement d'une bombe nucléaire par Volgin, ce qui était prévu depuis le début. Bien qu'il ait révélé tout cela, Gene ne veut pas dire à Big Boss qui est l'homme derrière tout cela. Gene demande alors à Big Boss de le rejoindre, ce qu'il refuse.

Juste après que Gene ait appuyé sur le bouton pour lancer les bombes nucléaires, Ursula (ou est-ce... ?) brise la fenêtre du panneau de commande pour essayer d'empêcher le plan de Gene, mais elle est tuée par lui immédiatement, car son pouvoir n'est pas à la hauteur. Dans son dernier souffle, elle demande au Big Boss d'arrêter Gene et lui révèle certaines de ses autres visions : elle l'a vu détruire un Metal Gear, mais aussi en construire un autre. Avant de mourir dans ses bras, elle lui dit aussi que ses enfants, qu'elle appelle "Les Enfants terribles", vont, à eux deux, détruire et sauver le monde.

Gene est vaincu

Le Big Boss finit par vaincre Gene après un combat acharné. Gene admet que malgré ses compétences calquées sur celles du Boss, Big Boss est bien le véritable successeur du Boss. Gene lui remet un microfilm contenant toutes les informations concernant le Ciel de l'Armée, notamment l'équipement, le personnel et les fonds. Il est sûr que Big Boss en aura bientôt besoin et qu'il lui en sera reconnaissant, car, pour lui, ils ne sont pas si différents.

Avec Gene hors jeu, Big Boss doit encore détruire la Metal Gear BIC. Il lance une fusée sur la Metal Gear, mais ce n'est pas suffisant. Son armée se joint à lui pour l'aider en tirant sur la Metal Gear. Big Boss risque sa vie en lançant une autre roquette et est soufflé par le moteur à réaction de la Metal Gear. Ses soldats parviennent ensuite à l'endommager suffisamment pour qu'elle perde sa trajectoire une fois sortie de l'atmosphère.

Au même moment, Ocelot se trouve dans le quartier général de la CIA. Il croise le chemin du directeur qui va se cacher du missile de la Metal Gear. Il prévoit également de cacher une mallette contenant les identités de tous les Philosophes et une moitié de l'Héritage des Philosophes, l'autre moitié appartenant déjà à Ocelot. Il tue alors le Directeur et prend la mallette. Il possède désormais l'intégralité de l'Héritage et peut se débarrasser de tous les Philosophes afin de créer une nouvelle organisation qui "perpétuera l'esprit des vrais patriotes".

Ocelot dans le quartier général de la CIA

Big Boss est accueilli en héros et réalise qu'il doit transmettre ce qu'il a appris de son expérience. Ocelot reçoit alors un appel de l'homme qui est derrière l'opération et qui a tout mené, de l'opération Snake Eater à la manipulation de Gene, afin de récupérer l'Héritage et de construire une organisation d'un nouveau genre comme les Philosophes. Le projet "Les Enfants terribles" est évoqué et Ocelot accepte une invitation à rejoindre la nouvelle organisation à une condition : il veut que Big Boss la rejoigne également.

Un groupe d'élite de personnes ayant la capacité de diriger le monde en secret et de respecter l'idéologie du Boss est né. Ils sont les Patriotes.

Une autre fin amère pour Big Boss