*GROS SPOILERS ! LISEZ A VOS RISQUES ET PERILS !*
Dans cet artcile, nous parlerons également d'événements réels qui se sont produits dans la vie réelle, et les organisations réelles de pays réels seront affichées en bleu.
Après la fin de la seconde guerre mondiale, le monde était divisé en deux - l'est et l'ouest. Cela a marqué le début de la période appelée guerre froide. Pendant la guerre froide, les Etats-Unis et l'Union Soviétique se sont engagés dans une course effrénée pour la conquête de l'espace et de nouvelles technologies militaires.
Nikolaï Stephanovitch Sokolov, un scientifique russe, travaille sur un projet d'arme top secret pour l'Union Soviétique : le Shagohod. Les Etats-Unis, effrayés à l'idée que l'Union Soviétique prenne de l'avance, mettent en place une mission d'infiltration pour récupérer le scientifique.
Virtuous Mission
24 août 1964: Virtuous Mission
Il s'agit de la première mission de combat de l'unité FOX qui est composée du leader Major Zero, Para-Medic, John et The Boss. John, surnommé Naked Snake pour cette mission, est aidé par les autres via sa radio, et reçoit de Major Zero l'ordre d'infiltrer Tselinoyarsk et sauver Sokolov.
Pendant cette mission, il rencontrera le Major Ocelot et son unité, un groupe élite Spetsnaz sous contrôle direct du GRU, lui-même contrôlé par le colonel Volgin. Ocelot ne parvient pas à reprendre Sokolov à Snake juste après qu'il l'a trouvé.
Juste avant d'accomplir sa mission, Snake rencontre à nouveau son mentor, The Boss, qu'il n'a pas vue depuis plusieurs années. Elle le blesse violemment et le laisse pour mort, lui annonçant qu'elle est passée de l'autre côté et a reformé l'unité Cobra à cette occasion. Ensuite, elle capture à nouveau Sokolov et rejoint L'Union soviétique avec Volgin, Ocelot, Tatyana (un agent du KGB potentiel se faisant passer pour l'amante de Sokolov qui a été capturée) et le Shagohod.
Un des deux Davy Crockett, un missile nucléaire américain, apporté à Volgin par The Boss, est lancé contre le bureau de design de Sokolov, OKB-754. La Virtuous Mission est un échec.
L'explosion de Davy Crockett
Nikita Sergeyevich Khrushchev, dirigeant de l'Union soviétique, utilise le “Téléphone rouge” pour appeler le président Lyndon Baines Johnson qui doit expliquer pourquoi un missile américain a explosé sur le territoire russe. Afin d'éviter les représailles, une troisième guerre mondiale et pour éviter toute suspicion, le gouvernement américain n'a pas d'autre choix que d'écouter l'utltimatum de l'Union soviétique qui est de tuer Volgin, qui est rendu responsable du désastre, et de tuer The Boss, qui a trahi son pays. Le gouvernement américain doit également sauver Sokolov et récupérer le deuxième Davy Crockett. Naked Snake sera l'homme de la mission !
Sigint rejoint l'unité FOX pour la mission qui est leur dernière chance de réparer leur échec précédent. S'ils échouent, ils seront dissous. ADAM et EVA, deux anciens agents de la NSA, sont envoyés à Tselinoyarsk par Nikita Sergeyevich Khrushchev en tant qu'agents du KGB. A cet endroit, Snake devra poster à ADAM la question "Qui sont les patriotes ?" à laquelle la réponse correcte devra être “La Li Lu Le Lo”.
Opération Snake Eater
30 août 1964: Operation Snake Eater
Pendant cette mission, Naked Snake est aidé par radio par Major Zero, Para-Medic et maintenant Sigint. Quelques minutes après son arrivée sur les lieux, il rencontre The Boss qui lui dit de retourner chez lui après l'avoir vaincu en combat. Elle part ensuite. Plus tard, il rencontre l'agent du KGB EVA qui l'aide à se défendre contre Ocelot et son unité, et lui apprend où se trouve Sokolov. En chemin, Snake combat Ocelot en duel et en sort victorieux. Il rencontre ensuite le premier membre de l'unité Cobra, The Pain, et le tue.
Au lieu de trouver Sokolov, Snake rencontre Aleksandr Leonovitch Granin, un autre scientifique responsable du développement du premier concept de tank bipède: Metal gear. Il apprend à Snake que lui et son concept ont été écartés par Volgin en faveur du Shagohod, le concept de tank de Sokolov. Granin lui dit également que Sokolov est maintenant détenu dans la base militaire Groznyj Grad. En chemin, Snake rencontre deux autres membres de l'unité Cobra, The Fear et The End, et les tue après un combat acharné.
Snake arrive près de la base militaire et rencontre EVA qui lui apprend qu'elle est un double agent qui prétend êtr Tatyana, l'amante de Sokolov. Juste avant d'atteindre l'intérieur de la base, Snake est témoin de la mort de Granin pendant l'interrogatoire de Volgin, et combat The fury, et le tue.
Après avoir infiltré la base, Snake surprend Sokolov en train de donner les données expérimentales de Shagohod à EVA. Après une conversation avec Sokolov au sujet du Shagohod et Tatyana, qui prétend finalement être l'amante de Volgin, Snake est repéré et capturé par Volgin.
Snake est torturé par Volgin en présence de The Boss, EVA et Ocelot
Naked Snake endure maintenant une session de torture entre les mains de Volgin qui veut savoir s'il est ici pour la Philosopher's Legacy, une grande quantité d'argent rassemblée par les hommes les plus riches des Etats-Unis, de l'Union soviétique et de Chine en 1918. Il révèle en même temps où se trouve le microfilm sur lequel sont répertoriées toutes les transactions de la Philosopher's Legacy, à travers des banques tout autour du monde. EVA (sous sa fausse identité), Ocelot et The Boss sont tous présents. Snake perd son oeil droit pendant l'interrogatoire et sauve la vie d'EVA. il est ensuite jeté en prison.
Snake parvient à s'échapper, saute d'une cascade et, comme il est proche de la mort, rencontre le "fantôme" de The Sorrow qui était un membre de l'unité Cobra, dans une sorte de rêve éveillé dans lequel il rencontre les âmes de ceux qu'il a tués. Il se sort du cauchemar et se dirige vers une grotte dans laquelle il rencontre EVA, qui lui donne du C-3. Cela lui sera utilie plus tard.
Snake retourne ensuite à Groznyj Grad, place le C-3 dans l'entrepôt où se trouve le Shagohod mais, juste après avoir lancé le décompte, il est repéré par Volgin qui se trouve avec Ocelot, The Boss et Eva, qui a été prise en train de chercher le microfilm. Sachant maintenant qu'EVA est une espionne, Volgin demande à The Boss de cacher le microfilm ailleurs, et elle accepte immédiatement. Elle emporte EVA avec elle et s'en débarrasse. Snake vainc Volgin, s'échappe de l'entrepôt, et trouve EVA qui l'attend dans une moto avec side-car. Elle lui annonce que The Boss l'a laissée partir, et l'attend près du lac.
Le Shagohod
Ils s'échappent tous deux en moto mais sont suivis par Volgin qui est encore en vie, et a pris le Shagohod avant l'explosion du C-3. Snake détruit le Shagohod et vainc Volgin qui est alors frappé par un éclair.
Snake et EVA arrivent finalement au lac où The Boss les attend. Avant la bataille finale, The Boss détruit Groznyj Grad et le complexe de recherche de Granin avec le dernier Davy Crockett. Elle explique à Snake sa vision du monde tel qu'elle voudrait qu'il soit. Elle parle des Philosophes et de leur objectif premier : maintenir la paix sur terre. Elle parle également de ses souffrances et ses sacrifices de soldat, ainsi que de la peine d'une mère dont l'enfant a été emmené à la naissance - plusieurs éléments indiquent que l'enfant n'est autre qu'Ocelot. Elle parle finalement de la vision d'un monde unifié qu'elle a eu en voyageant dans l'espace pour le Programme Mercury. Son souhait le plus cher est un monde sans frontières, ce qui était l'objectif original des fondateurs des Philosophes.
Snake vainc The Boss après un combat long et amer. Avant de mourir, The Boss donne un microfilm à Snake et lui demande de remplir sa mission et mettre fin à ses souffrances.
Naked Snake tue The Boss
Snake utilise l'arme de The Boss, un Patriot, et la tue. Il rejoint ensuite EVA qui l'attend avec un avion aquatique près du lac. Après un dernier duel avec Ocelot, ils partent.
Ils passent la nuit ensemble, mais quand Snake se réveille, EVA est partie. Elle a laissé une cassette audio qui explique tout : elle n'est pas la EVA qui a quitté la NSA pour l'URSS en septembre 1960, mais une espionne en charge de la récupération de la Philosopher's Legacy pour la branche chinoise des Philosophes. (The Boss savait tout cela, elle a donc laissé EVA partir avec un faux microfilm). Elle explique également la vraie mission de The Boss à Snake :
The Boss avait en fait été envoyée par la CIA pour récupérer la Philosopher's Legacy. Son départ pour le côté soviétique était un ordre de des US pour lui permettre de contacter Volgin. Le seul événement inattendu était le lancement du Davy Crockett sur le laboratoire par Volgin. The Boss avait dû abandonner sa vie et apparaître aux yeux de tous comme une traître à son pays. Cela offrait au gouvernement américain la chance de sauver les apparences. En vérité, elle était une vraie patriote, une vraie héroïne qui avait sacrifié sa vie et son honneur, mais restera pour l'histoire un criminel de guerre.
Naked Snake devient Big Boss pour avoir récupéré la Legacy et vaincu son mentor, The Boss, mais quitte l'unité FOX après avoir pris connaissance de toute cette masquerade.
Le salut d'un héros à un autre
Le dernier rebondissement de cette histoire est la découverte qu'Ocelot était un agent triple. Comme il l'avait dit à Snake, il était membre du GRU, mais il espionnait également Volgin pour le compte du KGB en tant qu'ADAM, l'agent de la NSA qui avait prétendumment quitté les US et accepté la mission de faire tomber le premier secrétaire soviétique Nikita Sergeyevich Khrushchev. Cependant, son "vrai" employeur est le directeur de la CIA, une organisation des Philosophes, qui lui avait demandé de récupérer la Philosopher's Legacy pour les US. Pour cela, il avait été aidé par The Boss, et Naked Snake bien sûr. Ocelot déclare à la CIA que seulement la moitié de la Philosopher's Legacy se trouvait sur le microfilm, et que l'autre moitié pourrait toujours être entre les mains du KGB. Après ces événements, il parviendra à récupérer l'autre moitié, et la garder pour lui. Il leur donne également les plans du concept de Metal Gear de Granin.
Une larme de Big Boss pour The Boss