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En este artículo, también hablaremos sobre eventos reales que ocurrieron en la vida real y organizaciones reales de países reales y se mostrarán en azul.
En 1970, seis años después de la Misión Virtuous y la Operación Snake Eater (Metal Gear Solid 3: Snake Eater), el gobierno de EE. UU. comienza a construir un Metal Gear a partir del proyecto del científico soviético Aleksandr Leonovitch Granin. El mismo plano que el Major Ocelot trajo a la CIA de su misión anterior durante la Operación Snake Eater. Durante su transporte para algunas pruebas, el Metal Gear es robado por algunos miembros de la Unidad FOX que se suponía debían protegerlo. Se cree que Major Zero y Big Boss son los responsables y están acusados de traición. Zero es arrestado por el Pentágono. Sin embargo, parece que los miembros de la Unidad FOX que robaron el Metal Gear no están bajo las órdenes de Zero, sino que en realidad han roto su lealtad con la CIA y se han vuelto renegados. El Metal Gear se traslada a San Hieronymo en Colombia.
Big Boss en la cárcel
Big Boss, retirado de la Unidad FOX, ha sido secuestrado y ahora está detenido en una celda en San Hieronymo donde es interrogado por el teniente Cunningham, también conocido como Boa, otro miembro rebelde de la Unidad FOX que ahora está en ruinas y bajo el control de Gene, también conocido como Viper, que quiere crear una nación independiente de soldados, lejos del control de los políticos. Para promover esta causa, chantajea a los EE. UU. y la URSS con la posibilidad de un ataque nuclear. También piensa que Big Boss sabe dónde está la otra mitad del Legado de los Filósofos y por eso Big Boss está ahora en una de sus cárceles.
Allí, Big Boss conoce a Roy Campbell, el último superviviente de una unidad de los Boinas Verdes que había sido enviado allí después de los recientes acontecimientos que rodearon al Metal Gear. Big Boss escapa de la prisión y Sigint y Para-Medic lo ayudan de inmediato a través de la radio, tal como lo hizo seis años antes. Big Boss luego ayuda a Roy Campbell a escapar de su propia celda. Se van juntos y deciden interferir en los planes de Gene liberando a los soldados que están bajo su control. Para hacerlo, reclutan a soldados soviéticos desilusionados en el lugar y comienzan a crear un ejército.
Roy Campbell en la cárcel
Más tarde, Big Boss conoce a Elisa, una doctora de la Unidad FOX. Ella lo ayuda a esconderse de otros soldados, después de que llega a su laboratorio, ya que está en contra del plan de Gene de lanzar bombas nucleares. Habla de Úrsula, su hermana gemela, y explica cómo Gene las salvó unos años antes, cuando las liberó de un laboratorio donde eran víctimas de experimentos. Fueron encerrados en el laboratorio debido a los poderes telequinéticos adquiridos después de haber estado expuestos a la radiación durante una explosión nuclear.
También le dice a Big Boss que se está ocupando del Perfect Soldier, resultado del “Proyecto del Perfect Soldier” llevado a cabo por la CIA (y también por los Filósofos). Este hombre ha sido condicionado para estar desprovisto de cualquier emoción o recuerdo. Solo quedan sus habilidades de soldado y tiene un solo propósito: cumplir la misión. Cualquier misión. Su nombre también es Null.
Más tarde, Big Boss es ayudado a través de la radio por un hombre misterioso, llamado Prividyenie, que significa Fantasma en ruso, quien le dará información valiosa sobre Metal Gear.
Big Boss luego se encuentra con un viejo amigo, Python, con quien luchó durante la guerra de Vietnam. Big Boss pensó que estaba muerto y lo dejó durante una misión. Justificando su sed de venganza, Python explica que, después de haber sido abandonado, la CIA lo ha salvado y entrenado para evitar una posible traición a Big Boss. Después de una pelea entre ellos y ser derrotado, Python finalmente decide unirse a la causa de Big Boss.
Pelea de Python
Más tarde, Big Boss conoce a Null. Después de luchar entre sí, Big Boss reconoce y recuerda a este soldado. Big Boss intenta decirle esto, lo que comienza a despertar algunos recuerdos dentro de Null, pero Cunningham interviene antes de que pueda recordar todo y captura a Big Boss nuevamente.
Durante la detención, Gene explica que proviene del "Proyecto Successor", un experimento de alto secreto realizado por el gobierno de los EE. UU., cuyo propósito era crear el comandante definitivo del campo de batalla. Este comandante tendría las habilidades para hacer la guerra, la aptitud para la estrategia, la resistencia para regresar vivo de la batalla y el carisma para abrumar y dominar los corazones de los soldados. Todo esto iba a ser modelado en The Boss. Gene también explica cuál se supone que es su misión: robar el Metal Gear para la CIA para que se lo entreguen a la Unión Soviética. Esto haría que la Guerra Fría durara más y mantendría el equilibrio de poder. Pero alguien más está detrás de esto y una llamada telefónica de Ocelot lo demuestra más tarde.
Más tarde, Elisa visita a Big Boss para llevarle algo de comida e información sobre el progreso del plan de Gene. Ella se comunica por telepatía y le dice que hace todo esto porque lo vio destruir el Metal Gear en una visión.
Elisa y Big Boss
Algunos de los soldados previamente rescatados por Big Boss vienen y lo ayudan a escapar de la cárcel y todos se dirigen a la ubicación de Metal Gear. La misión ahora es destruir las cabezas nucleares del Metal Gear. Sin embargo, en su camino, Cunningham los detiene y le pregunta a Big Boss sobre el Legado de los Filósofos nuevamente. Elisa interviene para rescatar a Big Boss y sus hombres, y se van para unirse a Roy Campbell.
Elisa y Big Boss se dirigen a la ubicación del Metal Gear, pero cuando llegan al lugar, Gene los detiene y convoca a Ursula. En realidad, no es otra que Elisa, cuya personalidad se ha dividido en dos tras unos experimentos. Estas personalidades han desarrollado diferentes poderes y convicciones: Elisa está del lado de Big Boss mientras que Ursula permanece del lado de Gene.
Ursula toma el control del Metal Gear, pero Big Boss la derrota y el Metal Gear explota con ella todavía dentro. El Metal Gear se destruye, pero un hombre aparece de la nada y le dice a Big Boss que este Metal Gear era solo Metal Gear RAXA. Este hombre resulta ser nada menos que Sokolov, el científico ruso que había diseñado el Shagohod seis años antes, el mismo científico que Big Boss, que entonces todavía era conocido como Naked Snake, había salvado durante la Operación Snake Eater. Metal Gear RAXA es solo un prototipo, diseñado para ejecutar algunas pruebas de rendimiento y no el Metal Gear real, conocido como Metal Gear BIC. Sokolov también explica que, debido a que Gene lo salvó de las cárceles rusas después de haber sido acusado de traicionar a su país, ayudó a Gene a finalizar los dos modelos de Metal Gear. Pero, sabiendo que Gene quería usarlos para lanzar un misil sobre Rusia, su patria, Sokolov, haciéndose pasar por Prividyenie, decidió ayudar a Big Boss brindándole amplia información sobre Metal Gear.
Big Boss en medio de soldados que se han matado entre ellos
Con Metal Gear RAXA destruido, Gene, gracias a sus 'habilidades', confunde a sus propios soldados y hace que se maten entre ellos. Lo hace para deshacerse de ellos y aprovechar el momento para escapar y llegar a Metal Gear BIC. Big Boss persigue a Gene pero se detiene cuando ve a Null que está matando soldados. Ha sido llevado a la locura por su obsesión de matar al único que continúa interponiéndose en el camino de su misión: Big Boss. Al enfrentarlo nuevamente, Big Boss recuerda que lo había conocido en el campo de batalla cuatro años antes, cuando Null aún era un joven soldado. Big Boss se da cuenta de que Null no es otro que Frank Jaeger, también conocido en el futuro como Gray Fox. No podía recordar a Big Boss debido a los experimentos realizados con él. Big Boss intenta decirle esto con la esperanza de que lo recuerde. Después de una pelea, Null recupera algunos recuerdos y se une al ejército de Big Boss.
Big Boss luego llega al silo en la parte superior donde se encuentra el Metal Gear BIC y se dirige al ascensor. Su objetivo es detener a Gene, que está a punto de desencadenar un ataque nuclear. Aquí es cuando Cunningham llega en una máquina voladora.
Antes de la pelea, Cunningham revela quién es realmente: trabaja para el Pentágono que se sentía amenazado por la creciente influencia que estaba teniendo la CIA gracias a los acontecimientos recientes (misiones secretas durante la guerra de Vietnam, Bahía de Cochinos...). El Pentágono le pidió a Gene que robara el Metal Gear antes de que la CIA pudiera dárselo a la Unión Soviética. Y en cambio, el Pentágono quiere que Gene lance una bomba nuclear contra la URSS, lo que sería terrible para la CIA y permitiría que el Pentágono volviera a tomar decisiones estratégicas para EE. UU.
Cunningham intenta convencer a Big Boss para que se una y traicione a la CIA, que había dejado morir a su mentor The Boss seis años antes, pero Big Boss se niega y así comienza la pelea entre ellos. Big Boss derrota a Cunningham y se dirige a la sala de control de Metal Gear.
La pelea de Cunningham
Gene ahora está esperando a Big Boss. De la misma manera que lo hizo Cunningham antes que él, Gene revela sus verdaderos objetivos: no le importa la disputa entre la CIA y el Pentágono y en lugar de lanzar una bomba nuclear sobre la URSS, en realidad quiere dirigirla a ambas organizaciones en para liberar al mundo de la influencia de los Filósofos. Su objetivo es crear una nueva nación de soldados, el Army's Heaven, y unificar el mundo para lograr el deseo de The Boss, que era abolir las fronteras del mundo. También le dice a Big Boss que todos los eventos de la Misión Virtuous y la Operación Snake Eater fueron organizados por un solo hombre detrás de escena en los EE. UU. Habla sobre cómo The Boss en realidad había sido asesinado según lo planeado después del lanzamiento de una bomba nuclear por parte de Volgin, que estaba todo preparado desde el principio. A pesar de revelar todo esto, Gene no le dirá a Big Boss quién es el hombre detrás de todo. Gene luego le pide a Big Boss que se una a él, a lo que él se niega.
Justo después de que Gene presiona el botón para lanzar las armas nucleares, Ursula (¿o puede ser...?) rompe la ventana del panel de comando para tratar de evitar el plan de Gene, pero él la mata de inmediato, porque su poder no es rival para él. a él. Con su último aliento, le pide a Big Boss que detenga a Gene y revela algunas de sus otras visiones: lo vio destruir un Metal Gear pero también construir otro. Antes de morir en sus brazos, ella también le dice que sus hijos, a los que llama “Les Enfants Terribles”, entre ellos destruirán y salvarán el mundo.
Gene es derrotado
Big Boss finalmente derrota a Gene después de una feroz batalla. Gene admite que a pesar de sus habilidades inspiradas en The Boss, Big Boss es de hecho el verdadero sucesor de The Boss. Gene le da un microfilme con toda la información sobre el Army's Heaven, incluido el equipo, el personal y los fondos. Está seguro de que Big Boss necesitará esto pronto y estará agradecido porque, para él, no son tan diferentes.
Con Gene fuera de escena, Big Boss todavía necesita destruir Metal Gear BIC. Lanza un cohete sobre el Metal Gear pero no es suficiente. Su ejército ahora se une a él para ayudarlo disparando contra el Metal Gear. Big Boss arriesga su vida lanzando otro cohete y es arrastrado por el motor a reacción del Metal Gear. Luego, sus soldados logran dañarlo lo suficiente como para que pierda su trayectoria una vez fuera de la atmósfera.
Al mismo tiempo, Ocelot se encuentra en la sede de la CIA. Se cruza en el camino del Director que se va a esconder del misil del Metal Gear. También planea esconder un maletín que contiene las identidades de todos los Filósofos y la mitad del Legado de los Filósofos, la otra mitad que ya pertenece a Ocelot. Luego mata al Director y coge el maletín. Ahora posee todo el Legado y puede deshacerse de todos los Filósofos para crear una nueva organización que "continuará con el espíritu de los verdaderos patriotas".
Ocelot en la sede de la CIA
Big Boss es recibido como un héroe y se da cuenta de que tiene que transmitir lo que ha aprendido de su experiencia. Luego, Ocelot recibe una llamada del hombre que está detrás de la operación y que dirigió todo, desde la Operación Snake Eater hasta la manipulación de Gene, para recuperar el Legado y construir un nuevo tipo de organización como los Filósofos. Se menciona el proyecto “Les Enfants Terribles” y Ocelot acepta una invitación para unirse a la nueva organización con una condición: quiere que Big Boss se una también.
Nace un grupo de élite de personas con la capacidad de gobernar el mundo en secreto y cumplir con la ideología de The Boss. Ellos son los Patriotas.
Otro final amargo para Big Boss