*GROSSER SPOILER! LESE AUF EIGENE GEFAHR!*
In diesem Artikel werden wir auch über reale Ereignisse sprechen, die sich im wirklichen Leben und in realen Organisationen realer Länder zugetragen haben und in blauer Schrift dargestellt werden.
Im Jahr 1970, sechs Jahre nach der Virtuous Mission und der Operation Snake Eater (Metal Gear Solid 3: Snake Eater), beginnt die US-Regierung mit dem Bau eines Metal Gear nach dem Bauplan des sowjetischen Wissenschaftlers Aleksandr Leonovitch Granin. Derselbe Bauplan, den Major Ocelot von seiner früheren Mission während der Operation Snake Eater zur CIA zurückgebracht hat. Während des Transports für einige Tests wird der Metal Gear von einigen Mitgliedern der FOX-Einheit gestohlen, die ihn eigentlich beschützen sollten. Major Zero und Big Boss werden für den Diebstahl verantwortlich gemacht und des Verrats beschuldigt. Zero wird vom Pentagon verhaftet. Es stellt sich jedoch heraus, dass die Mitglieder der FOX-Einheit, die den Metal Gear gestohlen haben, nicht unter Zeros Befehl stehen, sondern tatsächlich ihre Loyalität zur CIA gebrochen haben und abtrünnig geworden sind. Der Metal Gear wird nach San Hieronymo in Kolumbien verbracht.
Big Boss im Knast
Big Boss, der aus der FOX-Einheit ausgeschieden ist, wurde entführt und wird nun in einer Zelle in SanHieronymo festgehalten, wo er von Leutnant Cunningham, auch bekannt als Boa, verhört wird, einem weiteren Rebellen der FOX-Einheit, die nun in Trümmern liegt und unter der Kontrolle von Gene, auch bekannt als Viper, steht, der eine unabhängige Nation von Soldaten schaffen will, die nicht von Politikern kontrolliert wird. Um dieses Ziel zu erreichen, erpresst er die USA und die UdSSR mit der Möglichkeit eines Atomschlags. Er glaubt auch, dass Big Boss weiß, wo sich die andere Hälfte des Vermächtnisses der Philosophen befindet, und deshalb ist Big Boss jetzt in einem seiner Gefängnisse.
Dort trifft Big Boss auf Roy Campbell, den letzten Überlebenden einer Einheit der Green Berets, die nach den jüngsten Ereignissen um den Metal Gear dorthin geschickt worden war. Big Boss entkommt aus dem Gefängnis und wird sofort von Sigint und Para-Medic über Funk unterstützt, genau wie sechs Jahre zuvor. Später hilft Big Boss Roy Campbell bei der Flucht aus seiner eigenen Zelle. Sie brechen gemeinsam auf und beschließen, Genes Pläne zu durchkreuzen, indem sie die Soldaten befreien, die unter seiner Kontrolle stehen. Zu diesem Zweck rekrutieren sie vor Ort desillusionierte sowjetische Soldaten und beginnen, eine Armee aufzubauen.
Roy Campbell im Gefängnis
Später trifft Big Boss auf Elisa, eine Ärztin der FOX-Einheit. Sie hilft ihm, sich vor den anderen Soldaten zu verstecken, nachdem er ihr Labor erreicht hat, denn sie ist gegen Genes Plan, Atombomben einzusetzen. Sie erzählt von Ursula, ihrer Zwillingsschwester, und erklärt, wie Gene sie vor ein paar Jahren gerettet hat, als er sie aus einem Labor befreite, in dem sie Opfer von Experimenten waren. Sie waren in dem Labor eingesperrt, weil sie telekinetische Kräfte entwickelt hatten, nachdem sie bei einer Atomexplosion einer Strahlung ausgesetzt worden waren.
Sie erzählt Big Boss auch, dass sie sich um den Perfekten Soldaten kümmert, ein Ergebnis des von der CIA (und damit auch von den Philosophen) durchgeführten "Perfect Soldier Project". Dieser Mann wurde so konditioniert, dass er weder Gefühle noch Erinnerungen hat. Nur seine Fähigkeiten als Soldat sind ihm geblieben, und er hat nur ein Ziel: eine Mission zu erfüllen. Jede Mission. Sein Name ist ebenfalls Null.
Später wird Big Boss über Funk von einem mysteriösen Mann namens Prividyenie, russisch für Geist, unterstützt, der ihm wertvolle Informationen über den Metal Gear gibt.
Big Boss trifft dann auf einen alten Freund, Python, an dessen Seite er im Vietnamkrieg gekämpft hat. Big Boss hielt ihn für tot und ließ ihn deshalb während eines Einsatzes zurück. Um seinen Rachedurst zu rechtfertigen, erklärt Python, dass er, nachdem er verlassen wurde, von der CIA gerettet und ausgebildet wurde, um einen möglichen Verrat an Big Boss zu verhindern. Nach einem Kampf zwischen den beiden, bei dem er besiegt wird, beschließt Python schließlich, sich Big Boss' Sache anzuschließen.
Pythons Kampf
Später trifft Big Boss auf Null. Nachdem sie gegeneinander gekämpft haben, erkennt Big Boss diesen Soldaten und erinnert sich an ihn. Big Boss versucht, ihm das zu sagen, was in Null einige Erinnerungen weckt, aber Cunningham greift ein, bevor er sich an alles erinnern kann, und nimmt Big Boss wieder gefangen.
Während der Verhaftung erklärt Gene, dass er aus dem "Successor Project" stammt, einem streng geheimen Experiment der US-Regierung, dessen Ziel es war, den ultimativen Kommandanten auf dem Schlachtfeld zu schaffen. Dieser Befehlshaber sollte über die Fähigkeiten verfügen, Krieg zu führen, die Begabung für Strategie, die Ausdauer, lebend aus der Schlacht zurückzukehren, und das Charisma, die Herzen der Soldaten zu überwältigen und zu beherrschen. All dies sollte nach dem Vorbild von The Boss gestaltet werden. Gene erklärt auch, was seine Aufgabe sein soll: den Metal Gear für die CIA zu stehlen, damit diese ihn an die Sowjetunion liefern kann. Dadurch würde der Kalte Krieg länger andauern und das Gleichgewicht der Kräfte erhalten bleiben. Aber jemand anderes steckt dahinter und ein Anruf von Ocelot beweist dies später.
Später stattet Elisa dem Big Boss einen Besuch ab, um ihm etwas zu essen und Informationen über den Fortschritt von Genes Plan zu bringen. Indem sie mit ihm telepathisch kommuniziert, erklärt sie ihm, dass sie all dies tut, weil sie in einer Vision gesehen hat, wie er den Metal Gear zerstört hat.
Elisa & Big Boss
Einige der Soldaten, die Big Boss zuvor gerettet hat, kommen und helfen ihm, aus dem Gefängnis zu fliehen, und sie machen sich alle auf den Weg zu Metal Gears Standort. Die Mission besteht nun darin, die Nuklearsprengköpfe des Metal Gear zu zerstören. Auf dem Weg dorthin werden sie jedoch von Cunningham aufgehalten, der Big Boss erneut über das Vermächtnis der Philosophen befragt. Elisa greift ein, um Big Boss und seine Männer zu retten, und sie brechen auf, um sich Roy Campbell anzuschließen.
Elisa und Big Boss machen sich auf den Weg zum Standort des Metal Gear, doch als sie vor Ort ankommen, werden sie von Gene aufgehalten, der Ursula herbeiruft. Sie ist in Wirklichkeit niemand anderes als Elisa, deren Persönlichkeit nach einigen Experimenten in zwei Teile gespalten wurde. Diese Persönlichkeiten haben unterschiedliche Kräfte und Überzeugungen entwickelt: Elisa ist auf der Seite von Big Boss, während Ursula auf Genes Seite bleibt.
Ursula übernimmt die Kontrolle über den Metal Gear, aber sie wird von Big Boss besiegt und der Metal Gear explodiert mit ihr darin. Der Metal Gear ist zerstört, aber ein Mann erscheint aus heiterem Himmel und sagt Big Boss, dass dieser Metal Gear nur der Metal Gear RAXA war. Dieser Mann entpuppt sich als kein Geringerer als Sokolov, der russische Wissenschaftler, der sechs Jahre zuvor den Shagohod entwickelt hatte, derselbe Wissenschaftler, den Big Boss, damals noch als Naked Snake bekannt, während der Operation Snake Eater gerettet hatte. Metal Gear RAXA ist nur ein Prototyp, der für einige Leistungstests entwickelt wurde, und nicht der echte Metal Gear, bekannt als Metal Gear BIC. Sokolov erklärt auch, dass er Gene bei der Fertigstellung der beiden Metal Gear-Modelle geholfen hat, weil dieser ihn aus russischen Gefängnissen gerettet hat, nachdem er des Verrats an seinem Land beschuldigt worden war. Da er aber wusste, dass Gene damit eine Rakete auf sein Heimatland Russland abschießen wollte, beschloss Sokolov, der sich als Prividyenie ausgab, Big Boss zu helfen, indem er ihn mit umfassenden Informationen über den Metal Gear versorgte.
Big Boss inmitten von Soldaten, die sich gegenseitig umgebracht haben
Nachdem der Metal Gear RAXA zerstört wurde, verwirrt Gene dank seiner "Fähigkeiten" seine eigenen Soldaten und bringt sie dazu, sich gegenseitig zu töten. Er tut dies, um sie loszuwerden und den Moment zu nutzen, um zu entkommen und Metal Gear BIC zu erreichen. Big Boss verfolgt Gene, hält aber an, als er Null sieht, der Soldaten tötet. Seine Besessenheit, den Einzigen zu töten, der sichseiner Mission noch in den Weg stellt, hat ihn in den Wahnsinn getrieben: Big Boss. Als er ihm wieder gegenübersteht, erinnert sich Big Boss daran, dass er ihn vier Jahre zuvor auf dem Schlachtfeld getroffen hatte, als Null noch ein junger Soldat war. Big Boss erkennt, dass Null niemand anderes als Frank Jaeger ist, der in der Zukunft auch als Grey Fox bekannt ist. Er konnte sich wegen der Experimente, die an ihm durchgeführt wurden, nicht an Big Boss erinnern. Big Boss versucht, ihm das zu sagen, in der Hoffnung, dass er sich erinnert. Nach einem Kampf erlangt Null einige Erinnerungen zurück und schließt sich der Armee von Big Boss an.
Big Boss erreicht das Silo, auf dem der Metal Gear BIC thront, und steuert den Aufzug an. Er will Gene aufhalten, der kurz davor ist, einen Atomschlag auszulösen. In diesem Moment kommt Cunningham in einer Flugmaschine an.
Vor dem Kampf enthüllt Cunningham, wer er wirklich ist: Er arbeitet für das Pentagon, das sich durch den wachsenden Einfluss der CIA aufgrund der jüngsten Ereignisse (geheime Missionen während des Vietnamkriegs, die Schweinebucht...) bedroht fühlt. Das Pentagon bittet Gene, den Metal Gear zu stehlen, bevor die CIA ihn an die Sowjetunion weitergeben kann. Stattdessen will das Pentagon, dass Gene eine Atombombe auf die UdSSR abfeuert, was für die CIA schrecklich wäre und es dem Pentagon ermöglichen würde, wieder in die strategische Entscheidungsfindung der USA einzugreifen.
Cunningham versucht, Big Boss davon zu überzeugen, sich auf seine Seite zu schlagen und die CIA zu verraten, die seinen Mentor The Boss sechs Jahre zuvor hatte sterben lassen, doch Big Boss weigert sich und so kommt es zum Kampf zwischen den beiden. Big Boss besiegt Cunningham und begibt sich in den Kontrollraum des Metal Gear.
Cunninghams Kampf
Gene wartet nun auf Big Boss. Wie zuvor Cunningham offenbart Gene seine wahren Ziele: Der Streit zwischen der CIA und dem Pentagon ist ihm egal, und statt eine Atombombe auf die UdSSR zu werfen, will er sie auf beide Organisationen richten, um die Welt vom Einfluss der Philosophen zu befreien. Sein Ziel ist es, eine neue Soldatennation, den Army's Heaven, zu schaffen und die Welt zu vereinen, um den Wunsch desBosses zu erfüllen, nämlich die Weltgrenzen abzuschaffen. Er erzählt Big Boss auch, dass alle Ereignisse der Virtuous Mission und der Operation Snake Eater von einem einzigen Mann hinter den Kulissen in den USA inszeniert wurden. Er erzählt, dass der Boss tatsächlich wie geplant nach dem Abschuss einer Atombombe durch Volgin getötet wurde, was von Anfang an geplant war. Trotz dieser Enthüllungen will Gene Big Boss nicht verraten, wer der Mann hinter all dem ist. Gene bittet Big Boss dann, sich ihm anzuschließen, was dieser ablehnt.
Kurz nachdem Gene den Knopf zum Abfeuern der Atombomben gedrückt hat, zerbricht Ursula (oder ist es...?) das Fenster der Schalttafel, um zu versuchen, Genes Plan zu verhindern, aber sie wird sofort von ihm getötet, denn ihre Kraft ist ihm nicht gewachsen. Mit ihrem letzten Atemzug bittet sie Big Boss, Gene aufzuhalten, und enthüllt einige ihrer anderen Visionen: Sie sah, wie er einen Metal Gear zerstörte, aber auch einen anderen baute. Bevor sie in seinen Armen stirbt, sagt sie ihm noch, dass seine Kinder, die sie "Les Enfants Terribles" nennt, die Welt sowohl zerstören als auch retten werden.
Gene wird besiegt
Big Boss besiegt Gene schließlich nach einem erbitterten Kampf. Gene gibt zu, dass Big Boss trotz seiner dem Boss nachempfundenen Fähigkeiten tatsächlich der wahre Nachfolger von The Boss ist. Gene übergibt ihm einen Mikrofilm mit allen Informationen über die Army's Heaven, einschließlich Ausrüstung, Personal und Geld. Er ist sich sicher, dass Big Boss ihn bald brauchen wird und dankbar sein wird, denn für ihn sind sie gar nicht so verschieden.
Jetzt, da Gene aus dem Spiel ist, muss Big Boss noch den Metal Gear BIC zerstören. Er schießt eine Rakete auf den Metal Gear ab, aber das reicht nicht. Seine Armee schließt sich ihm nun an, um ihm zu helfen, indem sie den Metal Gear unter Beschuss nimmt. Big Boss riskiert sein Leben, indem er eine weitere Rakete abschießt, und wird von dem Triebwerk des Metal Gear weggeblasen. Seine Soldaten schaffen es dann, ihn so zu beschädigen, dass er beim Verlassen der Atmosphäre seine Flugbahn verliert.
Zur gleichen Zeit befindet sich Ocelot im Hauptquartier der CIA. Er kreuzt den Weg des Direktors, der sich vor der Rakete des Metal Gear verstecken will. Er plant auch, eine Aktentasche zu verstecken, die die Identitäten aller Philosophen und die eine Hälfte des Vermächtnisses der Philosophen enthält, während die andere Hälfte bereits Ocelot gehört. Dann tötet er den Direktor und nimmt den Koffer an sich. Er ist nun im Besitz des gesamten Vermächtnisses und kann sich aller Philosophen entledigen, um eine neue Organisation zu gründen, die "den Geist der wahren Patrioten weiterführt".
Ocelot im Hauptquartier der CIA
Big Boss wird als Held begrüßt und erkennt, dass er das, was er aus seiner Erfahrung gelernt hat, weitergeben muss. Dann erhält Ocelot einen Anruf von dem Mann, der hinter der Operation steckt und der alles - von der Operation Snake Eater bis zur Manipulation von Gene - durchgeführt hat, um das Vermächtnis zurückzuholen und eine neue Art von Organisation wie die Philosophen aufzubauen. Das Projekt "Les Enfants Terribles" wird erwähnt und Ocelot nimmt die Einladung an, der neuen Organisation beizutreten, unter einer Bedingung: Er möchte, dass Big Boss ebenfalls beitritt.
Eine elitäre Gruppe von Menschen mit der Fähigkeit, die Welt im Geheimen zu regieren und die Ideologie von The Boss zu erfüllen, ist geboren. Sie sind die Patrioten.
Ein weiteres bitteres Ende für Big Boss