Questo gioco old school utilizza la funzione di salvataggio automatico e salva a determinati punti di salvataggio (ad esempio gli ascensori). Anche se è possibile salvare i dati di gioco in qualsiasi momento tramite il menu di pausa, non si sarà in grado di iniziare a giocare da tale punto se si parte da questo file salvato - i dati salvati ti faranno sempre riiniziare dall'ultimo punto di salvataggio.
Potrai accedere ai tuoi dati salvati all'interno del menù principale di Metal Gear ("Carica partita"), non da dentro il menu di Metal Gear Solid 3: Snake Eater.
