Les événements de Metal Gear Rising: Revengeance se déroulent quatre ans après les évènements de Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots. Les Patriots, une sombre et puissante organisation qui gère l'économie de la guerre dans le monde, ont été détruits et les Sociétés Militaires Privées (SMP) se sont scindées en de nombreuses factions. Avec l'élimination de la technologie de contôle par nanomachines utilisée par les Patriotes pour réguler les capacités des soldats, les SMP se tournent vers la technologie des cyborgs avancé, créant de résistants soldats surhumains.
Dans cet épisodes vous contrôlez Raiden, un ancien enfant soldat devenu un cyborg, qui travaille maintenant pour la SMP Maverick Securities. Raiden est soutenu par ses collègues Maverick, le chef Russe Boris Popov, le conseiller militaire Kevin Washington, l'informaticienne Courtney Collins et l'expert en cybernétique Wilhelm "Doktor" Voight. Sunny, l'amie de Raiden, est de retour après Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots et est maintenant membre de la société Solis.