Los acontecimientos de Metal Gear Rising suceden cuatro años después de la historia de Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots. Los Patriotas, una poderosa organización en las sombras que controla la economía detrás de las guerras del mundo, han sido destruidos y Compañias Militares Privadas (PMC) se han dividido entre varias facciones. Con la eliminación del tecnología de las nano-máquinas controlada por Patriot y las habilidades de sus soldados, las PMC se centran en la tecnología cibernética avanzada, creando soldados duraderos y con poderes super-humanos.
Toma control de Raiden, un ex-niño soldado convertido en un cyborg que trabaja para la PMC Maverick Securities. Raiden es apoyado por sus colegas de Maverick: Boris Popov el jefe de la compañia, Kevin Washington el consejero militar, Courtney Collins la especialista informática, y el experto en cibernética Wilhelm "Doktor" Voight. Sunny, una amiga de Raiden, aparece de nuevo desde Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots como miembro de la compañia Solis.