Este juego usa un sistema de auto-guardado y salva la partida en ciertos puntos de control (ej: ascensores). No obstante, aunque puedas guardar la partida en cualquier momento a través del menú de pausa, siempre empezarás la partida en el último punto de control en el que te encontrabas al cargar el archivo de guardado.
Podrás acceder a tus datos de guardado a través del menú principal de Metal Gear ("Load Game"), no a través del menú de Metal Gear Solid 3: Snake Eater.