Dieses Old School-Spiel nutzt die Auto-Save-Funktion und speichert an bestimmen Checkpoints (z.B. Fahrstühle). Auch wenn Sie das Spiel zu jedem Zeitpunkt manuell im Pausenmenü speichern können, werden Sie nicht von diesem Punkt aus starten können wenn Sie die Speicherdatei öffnen - Ihr Speicherstand wird Sie stets beim letzten gespeicherten Checkpoint starten lassen.
Sie können auf Ihre Speicherdatei im Hauptmenü von Metal Gear ("Spiel laden"), nicht im Menü von Metal Gear Solid 3: Snake Eater, zugreifen.